La unidad de gerencia depende de la Dirección del Centro y tiene como función principal la organización administrativa y la gestión económica y presupuestaria de los proyectos y presupuesto interno. Asimismo, canaliza los gastos relativos a compras de bienes y servicios, viajes y comisiones de servicios, trámites de contratación y recursos humanos en coordinación con las instituciones matriz (CSIC e INTA), o temas de riesgos laborales.