Se propone un nuevo sistema para nombrar a bacterias y arqueas no cultivables

Figura: esporas (flechas), células agrupadas en cadenas o masas más numerosas de células conforman comunidades microbianas en la naturaleza y de las que solo un 1% pueden ser cultivadas en el laboratorio. Crédito: CAB-INTA-CSIC
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Un Consorcio Internacional de Científicos, del que forman parte varios investigadores del Centro de Astrobiología (CAB, CSIC-INTA), ha propuesto la creación de un nuevo sistema de nomenclatura para las bacterias y arqueas que no pueden ser cultivadas en el laboratorio. La declaración ha sido respaldada por 119 microbiólogos de todo el mundo.
 
 
Las bacterias y arqueas (organismos unicelulares que carecen de núcleos) conforman dos de los tres dominios de la vida en la Tierra, y son nombradas de acuerdo con el Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas (ICNP por sus siglas en inglés; el Código). En la actualidad, este código sólo reconoce las especies que se pueden cultivar en el laboratorio, un requisito que durante mucho tiempo ha sido un problema para los microbiólogos que estudian las bacterias y arqueas directamente en la naturaleza.
 
Desde la década de los 80, los microbiólogos han utilizado técnicas de secuenciación genética para tomar muestras y estudiar el ADN de microorganismos directamente del medio ambiente, procedentes de diversos hábitats que van desde los océanos helados de la Tierra o el subsuelo profundo, hasta la superficie de la piel y las mucosas humanas. Para la gran mayoría de estas especies, todavía no existe ningún método para poder cultivarlas en el laboratorio, por lo tanto, según el Código clásico, no pueden ser nombradas de manera oficial.
 
«En los últimos años han aumentado los descubrimientos basados en genomas para las arqueas y bacterias recogidas del medio ambiente, pero no existe un sistema que los nombre oficialmente. Esto ha creado un gran caos y confusión en nuestro campo de investigación», explica Alison Murray, primera autora de la publicación y profesora de investigación en el Desert Research Institute (DRI), en Reno (EEUU). «Ser capaz de representar en un lenguaje común la diversidad de organismos no cultivados conocidos por sus secuencias genómicas es muy importante», comenta.
 
En el artículo, que se publica hoy en la revista Nature Microbiology, Murray y sus colaboradores, entre ellos microbiólogos del Centro de Astrobiología, explican por qué es necesario actualizar las reglas establecidas actualmente para nombrar nuevas especies de bacterias y arqueas. Para ello presentan dos propuestas.
 
En primer lugar, proponen que se revise formalmente el Código para incluir bacterias y arqueas no cultivadas y representadas por la información de su secuencia de ADN, en lugar de las meustras de cultivo en vivo que actualmente se requieren. Y, en segundo lugar, como alternativa, sugieren la creación de un sistema de nomenclatura completamente separado (aunque podría fusionarse en el futuro) para los organismos no cultivados.
 
En microbiología ambiental, y en particular en Astrobiología, se utiliza la secuenciación de ADN extraído de rocas de las profundidades de la Tierra, de costras de sal, o bloques helados de los glaciares para entender la biodiversidad y los metabolismos microbianos y su relevancia en los ciclos biogeoquímicos. Para Victor Parro, investigador del CAB y coautor de la publicación, «la inmensa mayoría de estos microorganismos son incultivables en el laboratorio, pero podemos conocer su genoma e inferir sus capacidades metabólicas. Sabemos que están ahí, qué aspecto tienen y qué hacen, y queremos registrarlos con un nombre que todos entendamos».
 
Ramón Roselló-Móra, del Instituto Mediterráneo de Estudios Avanzados (IMEDEA), centro mixto del CSIC y la Universidad de las Islas Baleares, uno de los investigadores principales de este consorcio, recalca la importancia de «clasificar y nombrar a toda la diversidad procariota sin tener que pasar por el cultivo en el laboratorio, y que a medio plazo se consiga catalogar la gran mayoría de especies de la biosfera, de la cual actualmente sólo hemos nombrado el 1% del total real».
 
El siguiente paso es encontrar una estrategia de implementación para seguir adelante con uno de los dos planes propuestos, al tiempo que se involucra a los muchos microbiólogos que contribuyeron a esta declaración y a todos los que quieran ayudar a que este cambio se produzca.
 
En este proyecto han participado también investigadores del Instituto de Ciencias del Mar de Barcelona (ICM-CSIC), el Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC) y el Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN-CSIC), todos ellos pertenecientes al CSIC.

 

 

Fuente: UCC-CAB

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